Cerciórate de que la memory stick no sea falsa, y también de que no tengas ningún archivo corrupto.
No se si a otros os pasa, pero hay veces que al hacer una captura o algo no se hace bien y se genera un archivo corrupto que se queda en la memory stick y no puedo borrarlo desde el PC, he comprobado varias veces que si la MS tiene de esos archivos la carga de roms y demás (y su ejecución) es más lenta.
Pej. en el gPsp con el Pokemon, sin corruptos puedo estár con frameskip0, pero con ellos, en las batallas tengo que ponerlo a 1-2.
Salu2