A mí me pasaba algo similar, pero desde que salió la 1.0 definitiva no me ha vuelto a dar ese problema. Efectivamente, yo lo tenía configurado para que me preguntara donde quería guardar el archivo, pero en vez de hacerlo, lo empezaba a descargar directamente en la ubicación que estaba "establecida" en la opción no seleccionada de guardar en un path elegido.
En fin, no te puedo dar más datos que eso, que cuando actualice a la definitiva versión 1.0, ya me va bien.
Suerte.
Un saludo.