En la megadrive no se como ira, pero en la mayoria de las consolas antiguas el tema de los mandos va controlado por una placa que va conectada mediante un cable a la placa base de la consola.
El cable de union se puede quitar y poner.
Tal vez dicha placa esta defectuosa o le pasa algo, o tal vez el cable de union esta un poco suelto, no se por que mis conocimientos de electronica no llegan a mucho mas.
Recuerdo que las primeras playstation solian sufrir del mal de los mandos, y era que por una razon que desconozco dicha placa se jodia y los mandos se volvian locos con problemas del tipo que comentas, si le ponias la placa de otra psx que tubiera otro defecto se arreglaba.
A base de piezas sobrantes de psx defectuosas, lectores, placas, controladoras de mandos y carcasas monte un par de psx en su epoca.
A ver que te.dicen los mas expertos, yo soy un novato, si tubieras otra md podrias probar a cambiar una placa por otra o quitar y poner el cable conector, pero ya te digo que te hablo desde la ignorancia por que no se como va la circuiteria de la md.