Si al lanzarlo con el terminal se te cierra al cerrar el terminal, puede que también se cierre al terminar el script de autostart?
Prueba a poner esto en el Autostart.sh en vez de solamente "nm-applet":
nohup nm-applet &> /dev/null &
Explicación de este comando:
- nohup: hace un detach del proceso, ejecutándolo de forma independiente a la terminal desde la que es lanzado (ignora las señales de hangup y por tanto se la bufa si la terminal "padre" indica que debería terminar cuando ella misma termina).
- &> /dev/null : manda toda la salida a /dev/null (o sea, la descarta). Si no pones esto, nohup automáticamente te crea un fichero "nohup.out" en tu home con la posible salida del comando que estés ejecutando. A no ser que nm-applet no funcione bien y quieras investigar por qué, esta salida no te interesa así que fuera.
- & : manda todo el comando anterior al background.