Eso mismo me pasa a mi, como ya instalé la nueva actualización de la 3DS no me deja usar la misma cuenta del club nintendo que en la Wii U, porque dice que ya está vinculada con un Nintendo Network ID....
Lo único que he podido hacer es desvincularla en la Wii U y vincularla en la 3DS y al revés. Así que creo que haré eso cuando lo necesite, para no tener que usar 2 cuentas del club nintendo.. Algo es algo... jeje
A ver si cambian lo refentente a los NNID para poder usarlos en las consolas que queramos porque si no es un jaleo...