Me huele a que has desmarcado la casilla de Compiz Settings Manager que permite que se comunique con gnome-settings-daemon, ya que no respeta los ajustes del gnome-panel. Mira en el Settings Manager -> Preferencias -> Integración -> Habilitar integración con el entorno de escritorio. Y si no te va, yo borraría la configuración de éste.
Aunque si alguien ha tenido este exacto problema quizá te ayude mejor.