Porque estas usando el BUS de datos interno del PC [especificamente el BUS de datos en la tarjeta madre], el cual lleva datos de un chip a otro constantemente [instrucciones y datos hacia el CPU o hacia la tarjeta de video, datos resultado de las intrucciones anteriores en el CPU o GPU y que se envian a la RAM para almacenarse, o bien esos datos se envian o tros chip activo como pueda ser el chip de audio, etc., etc. ], asi que no te extrañe que en algun momento ese BUS este saturado [lleno de datos] con lo que se demora en algunos datos a transportar pues le da prioridad a otros.
Al contrario del HDMI el cual esta en el sistema de video [video integrado o en tarjeta de video] donde es un bus independiente y el cual practicamente la gran mayoria de trafico es de salida, asi que nada de saturacion y exclusivo solo para el audio y video.
Una forma de evitar eso es hacer un pequeño OC a los chipsets [uno esta en el procesador mismo y el otro en la tarjeta madre] para aumentar el ancho de banda del bus de datos de la tarjeta madre, el cual se mide en bits/s [bits por segundo: Mb/s, Gb/s, Tb/s, etc.], asi entre a mas bits por segundo se puedan transportar los datos, pues menos saturacion se tendra. U otra opcion seria darle mayor prioridad a los datos que vayan del bus de datos hacia el USB 3 type-c.