Problema para extraer de forma segura el disco duro

Hola.

Tengo un par de discos duros externos y los tengo conectados a mi ordenador con windows 7. Escucho alguna canción, película o paso algún archivo y tras esto intento extraer mi disco y me dice que hay algún proceso utilizándolo. Me he bajado un programa llamado USB Safely Remove y al intentar extraer me sale que el proceso que está usando mi disco se llama "System", aunque use la función de cerrar el proceso o forzar la detención no lo cierra, incluso he dejado toda la noche el disco en el ordenador y esta mañana cuando lo he intentado extraer (ya ni estaba girando) no he podido hacerlo.

Descarto virus en los discos externos ya que en otro ordenador con win8 los puedo extraer sin problema. En mi ordenador tampoco parece haber virus, ya he pasado el antivirus y nada. Así que no se que hacer ¿Que puede provocar esto?

Hay algún peligro en extraer directamente sin la opción extraer con seguridad? Tengo esa opción activada en administración de dispositivos, pero no me fío de desconectar con el disco girando.