Cuidado,pues (y ojalá no te pase)...el disco duro viejo con el sistema puede fastidiar el arranque del disco nuevo..justo por tener tambien el SO puesto..y mas si me dices que quiere arrancar el pc con el que hay en el viejo..
El pc deberia de arrancar solo con el nuevo disco y el SO recien puesto..prueba a desconectar el viejo y probar a arrancar solo con el nuevo..como no arranque solo,ya está el lio...
En mi caso fué por una clonación de un HD a otro y luego arrancarlo estando los 2 conectados..si dejaba solo el nuevo,ya me daba problemas con el boot..o sea,que no arrancaba windows...tuve que clonar de nuevo y ya soltar el hd viejo(antes de arrancar de nuevo)...ahora con el nuevo solo,ya todo perfecto..
Pienso que lo suyo seria meter el viejo de otro modo,como por USB y entonces borrar o formatear para que no tenga ningun SO...luego si se podria poner con lo demas por SATA o IDE,para usarlo normalmente...
Hablo de mi caso...podria ser de otro modo,o que pasen otras cosas.