Yo también pensé lo de la clavija, pero acabé solucionándolo de un modo que... bueno, no me queda del todo claro qué fue lo que lo arregló. Para empezar, como ya dije, no me reconocía ningún USB en ningún formato, ni siquiera WBFS. Opté por hacer un downgrade a 4.2 y luego actualizar mediante internet, quería que se borre todo rastro de "flasheo" de la consola para hacerlo desde 0. La cuestión es que no me borró nada xD y se actualizó bien, pero el downgrade de 4.3 a 4.2 me había borrado todos los cIOS y el bootmii. Lo que hice fue reinstalarlos todos con el Pimpmywii y el Sciifiix (o algo así, disculpen si escribí cualquier burrada) y ahora ya me toma tanto los juegos de GameCube de la SD de 16 GB formateada en FAT32 como los USB formateados en WBFS (de lo contrario no los reconoce).
Me es un misterio, porque todo funcionaba a la perfección y de un día para otro tuve los mil y un problema. Si algún día alguien tiene el mismo problema y lee ésto, que haga todo lo que dije arriba que tal vez le arregle algo.
Muchas gracias a los que se tomaron la molestia de comentar.
¡Saludos!