Intenta entrar en el Recovery de la PS3 y conecta el cable USB al puerto 1 de tu PS3,si sigue in funcionar comprueba el cable y el mando nos sea que el problema venga de hay,si estan bien y siguen sin funcionar los puertos USB entonces el problema va a estar en la placa,podria ser uno de los fusibles que protegen los puertos USB,aunque para medirlos tendras que desmontar la consola entera hasta llegar a la placa de la consola.
Un saludo.