Yo creo que es de esas cosas que se arreglan haciendo copia de todos los datos, formateando la tarjeta de memoria, y volviendo a poner todos los datos. El "firmware" del R4 son archivos copiados a la tarjeta, así que no modificas nada en el cartucho, con lo cual no creo probable que el firmware te haya estropeado nada. Más bien pienso que puede ser problema de la tarjeta de memoria.
Otra opción para comprobar esto sería probando otra tarjeta de memoria.