el config.bak, autoexec.bak y habitualmente los .bak vienen a ser una especie de copias de seguridad de dichos archivos .bat, es decir, que al instalar algunos programas, como tienen que modificar alguna línea de los originales, lo que hacen es crear un *.bak, en el cual dejan la configuración aterior a las modificaciones producidas en esos archivos, así que no te preocupes, que todos los tenemos.
Con respecto al otro chisme, al correo que abriste, me parece, que es un virus de esos nuevos que mandan, así que diles a tus amigos que si reciben correos tuyos con archivos adjuntos raros: NO LOS ABRAN Y DIRECTAMENTE LOS BORREN SIN ABRIRLOS.
Pásale si eso, como bien te dijeron, un buen antivirus, suerte