Si solo vas a dejar Windows puedes formatear el MBR mediante el comando fdisk /mbr o fixmbr ya en la consola de windows.
Si quieres tener Linux, cuando lo instalas te lo arregla. Si no ha sido así siempre lo podrás recuperar con un LiveCD y machacando el grub, mediante el comando grub-install /dev/hdx, donde hdx es el disco duro q quieras.