Realmente tenías la Wii en 2.2, o era 3.2? Porque si era 2.2, podría ser algo como lo que pasa en PSP al usar juegos en un firmware inferior al que necesita: que al subir después a un firmware igual o superior al necesario, la partida guardada generada con el firmware inferior deja de servir por estar "hecha rara", por decirlo de alguna manera.
Lo de que la partida no se pueda copiar a SD (al menos por métodos oficiales) es normal con Mario Kart, está hecha así.
Por cierto, antes el juego lo cargabas por GeckoOS o algún tipo de carga que también se salte las actualizaciones? Porque si la tenías en 2.2, el Mario Kart debería haberte pedido actualizar a 3.1, además de instalar algunos IOS propios del juego...