Ese si es problema del pendrive que es parcialmente compatible, osease que:
-Puedes arrancar elf's desde el pendrive
-Transferir saves de la memory card a pendrive o viceversa
-Cargar videos en formato .avi con el sms
-Instalar FreeMCBoot
-Usarlo libremente para lo que venga en gana con el Ulaunchelf
Pero una vez dentro de cualquier elf's que cargues (excepto Ulaunchelf) e intentes cargar otro archivo desde el prendrive (como los Roms para el Snesstation) ahí quedará todo y estará trabado el ps2.
Usa como ya te han dicho otro pendrive o lo mismo que dice Metsu shoryuken.
Y bueno no se queda trabado cuando usas el DVD con el Snesstation y los Roms porque los Roms los lee desde el DVD y no desde el pendrive.
PD: Lo más probable es que cuando intentes hacer el save de algún juego con el emulador también se quede trabado y pierdas el progreso o pienses que nunca podras salvar los progresos hechos en el Snesstation... pero cosa curiosa pasa, si pones un juego de ps2 Original en la bandeja mientras juegas (ya sea que arranques todo desde un pendrive o que retires el disco del Snesstation una vez cargado el Rom) podrás salvar los progresos sin ningún problema. No se porque pero así sucede xDD
Suerte y saludos