Desde hace bastante, cuando intentamos pasar el checkdisk en C se queda programado en el siguiente reinicio, de manera que tras reiniciar y antes de cargar Windows, se ejecutará el chkdsk con las opciones que le hayamos marcado previamente.
Puedes usar programas como el HDTune, o el que proporcione el fabricante, para comprobar errores en la unidad; no obstante, yo empezaría usando el CrystalDisk Info para ver el estado del SMART... y si sale amarillo o rojo, tirar de garantía.
