Puede que esten en formato ASS -Advanced SubStation Alpha- [*.ass] y algunos reproductores no pueden manejar todas las funciones y comandos de este formato de subtitulo. Solucion, usar EAGISUB abrir el archivo MKV y despues de cargar el subtitulo se usa el menu FILE>EXPORT SUBTITLE, en las opciones que aparecen marcar las casillas CLEAN para limpiar los comandos y dejar solo los textos del subtitulo, despues en SIGUIENTE y en lña nueva ventana darle un nombre al archivo que vamos a crear ya limpio, en tipo elegimos SubRip [*.srt]. Tendremos un archivo SRT de etxto plano que cualquier reproductor por barato que sea debe poder mostrar. Solo se le pone el mismo nombre que el archivo de video.
Si deseamos incrustarlo al contenedor MKV usamos MKVMERGE_GUI del paquete MKVToolNix, arrastramos el archivo MKV a la ventana del MKVMERGE_GUI y despues arrastramos el archivo SRT y pulsamos el boton START MUXING.. y tendremos un archivo MKV con los subtitulos que hemos creado nosotros. Si es un MP4, usamos el programa YAMB y el uso es similar al MKVMerge_GUI solo que tendras un archivo MP4.
Tambien puede ser que la resolucion configurada en el subtitulo este fuera de lo que puede rasterizar -dibujar y sobreponer en pantalla- el reproductor. Tendremos que abrir el subtitulo en el EAGISUB y en el menu FILE>PROPERTIES busacmos la opcion de resolucion, debe tener minimo 720x480 [para video NTSC] o 720x576 [para video PAL] o 1280x720. Vamos al menu FILE>SAVE y ya hemos cambiado la resolucion del rasterizado.
EAGISUB puede abrir y guardar los subtitulos directamente del contenedor MKV, pero para AVI o MP4 se debe primero extraer el archivo del subtitulo, para AVI usamos el VirtualDUBMOD -menu STREAM>Stream List, boton extraer- y para MP4 usamos YAMB -Edicion>Click para extraer..-