Yo quiero responderte porque, aunque no puedo ayudarte en mucho lamentablemente, me ha llamado la atención el punto 3.
CUIDADO: el sistema de transferencia que ofrece este juego no es el oficial de Sony sino uno propio de Konami (por eso se llama Transfarring). Es decir, cuando guardas una partida se sube a un servidor de Konami. Que yo sepa el sistema de Sony es más transparente para el usuario, ¡así que no te eches atrás por este sistema!
En cuanto a los trofeos, creo que efectivamente se separan entre PS3 y Vita precisamente por "deficiencias" de Transfarring. Creo que con juegos de Sony como el All Star Battle Royal ese se compartirán los trofeos.