Umm... es que de por sí flash nunca ha funcionado bien en nada. Es propenso a lentitud y otros problemas derivados... te aconsejo hacer limpieza en el equipo (que no haya demasiada carga), asegurarte que la gráfica funciona como debe funcionar (tener los drivers puestos y el xorg bien configurado) o, también puedes probar gnash, es un reproductor flash con la diferencia de que es libre, y por ello me imagino que debe ir mejor (el código es comprobado y mejorado por la comunidad, no como el oficial).
Un saludo,