Por lo que cuentas, es un "problema" con el hardware y poca solución tiene. O lo solucionan con alguna actualización de drivers o firmware o sólo podrás conectar el disco duro en esos puertos.
Quizás te pueda servir una solución intermedia, y es que, cada vez que el equipo te detecte el disco como 2.0, te vayas al administrador de dispositivos y desinstales los drivers de ese USB, para acto seguido decirle al equipo que reescanee el hardware para que te vuelva a detectar los USBs. Lo mismo, así te funciona.