Prueba con un backup de un juego que ocupe poco puesta en un usb a ver si te hace lo mismo? y revisa el contenido de la sd no se haya corrompido.
Yo tambien probaria a cambiar el puerto que usan los loader para el hdd, pondria el puerto 2 en la configuracion de los loader, si sigue sin leerte nada entonces puedes ya pensar que puede ser fallo de hardware.