Con los ultimos cIOS, el puerto de arriba queda dedicado a instrumentos y demás, mientras que el de abajo (tal y como la tienes) es el destinado al disco duro o pendrive.
El cIOS 36 rev 10 fue el ultimo (creo recordar) que permitia tener un disco duro conectado en cualquiera de los USB, los siguientes cIOS 38 rev XX solo admiten el de abajo teniendo la consola tumbada, asi que no te preocupes que es normal.