Yo tambien e tenido algunos problemas como los que comentais.
El chip lo monto encarando los puntos A,B,C hacia donde van soldados y cojo la Vcc y GND de donde marcan los esquemas.
Nada mas instalarlo insertoun juego original para que se configure y ultimamente el segundo disco no me lo coje,tengo que apagar y volver a encender,lo siguiente que hago en insertar el disco de actualizacion,que los de la pegatina amarilla ya vienen con la version 1.2 pero de todas formas lo pongo,veo que todo esta ok,grabo y apago la consola,acto seguido pongo una copia y ya no tengo el problema.
Es una solucione extraña,pero me funciona,eso si,alguna vez en cambios de discos,pasa lo que comentais,hay que apagar la consola.
Por cierto,todos los puntos los sueldo donde marcan los esquemas.
Saludos!