Supongo que al haberse rajado el filtro IR ahora entra la luz ambiente dentro del mando y por eso te hace un efecto parecido a cuando hay demasiada luz en la habitación. Prueba a jugar con la habitación totalmente a oscuras a ver que pasa.
Una solución barata pero que quizás no sirva sería tapar la raja con celofán rojo... No, probablemente no sirva...