Free es "libre", como "en libertad de expresión"; y gratis como en "cerveza gratis".
El freeware o software gratuito te permite utilizarlo de manera gratuita (a veces solo durante un tiempo) y algunas veces te permite copiarlo, pero nada más. A este, como al de pago, aquí lo llamamos "software propietario".
El Software libre te permite copiarlo, modificarlo, distribuirlo y hacer lo que quieras con el sin ningún tipo de restricción.
Linux está formado generalmente por software libre... pero hay cosas como RAR en las que el algoritmo está patentado y nadie puede hacer un "RAR libre" por lo que se tienen que utilizar el programa "propietario"... que en este caso el descompresor por linea de comandos para linux es gratuito. Aunque podrían haber hecho como en el descompresor gráfico de windows... que caduca con el tiempo.
Espero que te haya servido la explicación!
Saludos!