Ponlo en modo ventana sin bordes a ver si va mejor, a veces la pantalla completa con múltiples ventanas da problemas, si te has fijado hoy en día todos los juegos tienen modo de ventana sin bordes, y es por el tema de jugar con varias pantallas en multitarea.
Igual ya lo tienes así claro, eso solo una idea.
Por otra parte revisa la configuración del juego, este juego es conocido por resetear y cambiar la configuración como le viene en gana, por eso un método muy usado es poner el fichero de la configuración una vez configurado el juego en modo lectura, para que este no cambie.