Mira eso mismo que comentas me paso a mi, y ya me dieron la solución en este mismo foro.
Lo mas importante es que USES SOLO el WINHIIP preferentemente 1.7.2 o 1.7.3. Conectas el HDD al PC y formateas con el WINHIIP, la primera vez recomiendo que sea full y pones todos los parámetros a 128. Ojo que si pones los parámetros y despues tocas las pestaña de full, quick, etc. o la de abajo que creo que tenia que estar en HDloader 28bit?¿? (Esto no lo recuerdo bien, pero NO uses TOXIC), bueno pues si toqueteas se TE BORRA lo que has puesto a 128 y tienes que hacerlo otra vez.
Una vez formateado con el Winhiip, mete los juegos, y ya veras como juegas sin problema. Cuando añadas otro no tendras problema, eso sí, usa el winhiip PARA TODO, hasta para eliminar las isos que ya no quieras, nada de usar el menu del HDLoader, vamos en pocas palabras para manipular el HDD, usa EXCLUSIVAMENTE el WINHIIP. Ese consejo me dieron y despues de imnumerables pruebas va perfecto y no pierdo nada.
Espero haberte ayudado. Por cierto uso el PBKLoader 4c.
Saludos