Primero y ante todo asegurate de que estas utilizando el parche adecuado para el juego que quieres parchear.
Lo normal es que dentro del parche encuentres un archivo de texto que te explique como utilizar ese parche, y lo que tienes que hacer para parchear el juego.
Lo de hacer una iso antes de parchear el juego no lo veo del todo claro, ya que por lo general es el propio parche el que se encarga de hacer eso.
Para extraer los datos del cd a la carpeta que te indique el parche, usa el isobuster, y extrae los archivos del parche a la carpeta que te indica el mismo.
Prueba ha hacer esto que te he dicho, y si sigues teniendo problemas, vuelve a preguntar.
Suerte.