Problemas al pasar de 9.5 GW a 9.6 RX y partida de Pokemon SHuffle

Hola, Tengo un problema con la emunand en cuanto a pasarla al RX. Tengo una emunand en 9.5 por Gateway y como ha pasado un tiempito medio largo y salio Pokemon Rumble, me he querido pasar a 9.6 por medio del rxtools... Mi problema viene a ser lo siguiente, Cuando he logrado el 9.6 Exitosamente y trato de jugar al Pokemon Y Original... Este me salta con la partida Dañada! Pero aca viene lo raro, Cuando hago un Downgrade a 9.5 con Emunand Tools y usando el GW... Este anda y perfectamente

Por que ocurre eso?

Por otra parte, Tambien perdi la partida completa de mi Pokemon Shuffle, La cual habia restaurado por una actualizacion pasada para poder Actualizar a 1.4 mi Pokemon Y pero haciendo esto de vuelta... La partida por mas que habia empezado los primeros niveles (Los cuales no me dan la opcion de actualizar si no hasta el nivel 11) se me dañaron... Por que ocurre esto? Existe alguna manera de Backupear la partida de este para futuras actualizaciones? (Ademas de que no se vuelva a repetir )