A ver, para probarlo yo he hecho un cd con el emulador y unas mil ochocientas roms (muchas son demos tecnicas y traducciones además de hacks). En el readme del emulador dice que te caben todas las roms USA más sus extras (caratula, captura, cartucho y musica) en un CD, con lo que un posible límite parece que no hay.
Otra cosa, yo mi imagen la hice con todos los extras y casi no me cabe en un cd (resultó ser de 770 megas). Ten cuidado porque si metes roms a saco y le das a que te pille todos los extras, además de tardar muchas horas en tenerlo listo (la descarga de contenidos es bastante lenta, la verdad, en mi caso fueron unas 10 horas) si luego resulta que te monta una imagen que no cabe en un CD, tendrías que repetir el proceso.
Así pues, no veo donde está el fallo que te puede dar.
-Mira a ver que no tengas la carpeta del emulador protegida de escritura.
-Fíjate en si has indicado correctamente la carpeta donde tienes las roms.
-Ejecutas el NesterDCSEBuilderWx.exe?
Es que no sé... no te da ningún mensaje el programa? Miralo a ver y comenta porque traducir el readme me resultaría un coñazo (pero oye, si fuese imprescindible...)