Puedes reinstalar el 5.50 GEN-D, y despues actualizar a 5.50 GEN-D2, debes tener en la raiz de la ms el archivo 550.PBP.
No creo que sea problema de CF, tal vez no se hallan grabado bien en la MS, o estén mal convertidos. Intenta primero restablecer ajustes en el PSP y vuelve a convertir tu video.
Puedes optar por actualizar a 5.50 GEN-D3 pero tal vez te den problemas las partidas guardadas, en lo personal uso el 5.50 GEN-D2.
Saludos.