No creo que sea por la fragmentación, yo tnego una MS 1Gb Sony (la del gigapack), y está muy fragmentada y la velocidad de lectura es la misma.
Ten en cuenta que en los discos duros se pierde tiempo por la fragmentación debido al tiempo que tarda que girar y mover el cabezal a la posición correcta, pero en la MS le cuesta lo mismo buscar una dirección que otra que esté en la otra punta de la memoria.
Dumbis, ¿estás usando dax? o es con las isos normales.
Porque si usas dax es normal, tienes que jugar a 333Mhz para evitar ralentizaciones, e incluso en algunos juegos siguen saliendo.
Pon los juegos que dan saltos, para ver si es algo normal en esos o no.