Eso es porque los juegos son de otra región o están mal parcheados, me pasó exactamente lo mismo pero con backups de wii, y como en el backup laucher se puede programar para que cualquier juego de cualquier región arranque en cualquier wii, pues con eso ya puedes jugarlos; lo que hize fue instalar con el wad manager el backup laucher channel y desde allí los arranco, no he provado con los de game cube pero, suponiendo que es igual que el .dol de backup laucher desde el HBC, se deve de poder arrancar backups de GC en este programa.
Ojalá te aya ayudado.