No es tan extraño, muchas Dreamcast leen mucho mejor backups en CD que los propios originales (GDi), sobre todo cuando los GDi fueron grabados hasta el borde del disco para aprovechar la máxima capacidad (me pasó a mi con Shenmue 1 y 2, hacer los cambios de disco era un coñazo).
Las recomendaciones que hay son dos básicamente: limpiar la lente y engrasar el lector. Lo de calibrar sería la tercera opción después de hacer esas dos, pero ahora que ya lo has hecho, pues sólo te quedan esas dos que hay también tutos por el foro y youtube.
Por último si nada de eso funcionase te quedaría la última alternativa que sería cambiar el lector por uno nuevo, los venden en aliexpress sino me equivoco.