Que yo sepa solo funciona con archivos .rom y de msx1.
Te dijo como lo hago funcionar yo :
Ejecuto MSXAdvance.exe , puslo en More >> , marco BIOS y se me abre una ventana en la que selecciono la bios que uso (te la he mandado por privado ) , pulso en el icono de la carpeta para elegir los juegos y por ultimo pulso en Save ... , le pongo el nombre que quiera con .gba y estando en la misma carpeta donde esta el emulador MSXAdvance ,si lo intento guardar en otra carpeta me da error.
Espero que te ayude. Un saludo