Pues lo mismo te pasa lo que a mi, que creia que era por el tipo de puerto paralelo (EPP,SPP,ECP,etc...) y al final era por no haberme leido bien el manual. La cuestion era que no pulsaba los botones selct+start cuando se enciend la GBA y por eso no me lo pillaba el flash2advance writter.
Si eso no es cambia en la bios el tipo de puerto a norma o SPP, y si no va, ves probando uno por uno.