Buenas:
A lo mejor te digo una chorrada, pero a mí me pasaba lo mismo y lo que sucedía es que tenía muy bajo el volumen del linux. Otras cosas las oía perfectamente, pero el VLC nada, pero se arregló subiendo el volumen del linux (según qué escritorio uses hay varias formas), además de subir el volumen del VLC (por defecto está al 50%) y el de la tele/equipo de música...solución poco sofisticada pero en mi caso eficaz.
Un saludo.