Yo tengo uno de 256 MB y me pasa lo mismo, me refiero a que me falla mucho, y porque cambies de version note va a ir mejor.
Yo he descubierto que la escritura falla en función de cómo tenga los cables y gba durante la escritura, es decir, que elque el cable del puerto paralelo esté doblado o estirado influye mucho.
Yo la verdad estoy harto, cada vez que quiero grabar juegos me tiro lo menos 40-50 minutos y la GBA la apago y enciendo otras tantas.
Para solventar tu prblema instala una cosa llamada "port95nt.exe"
Buscala en el google, la instalas y reseteas y a ver que pasa.
Ya me cuentas