Yo tengo ese cartucho y no me pasa eso... ninguno de los dos problemas.
Respecto a grabar, me graban todos los juegos. Está claro que el cartucho tiene cierta memoria para almacenar los saves, y si metes 900 juegos de gba y grabas en todos ellos, no estarán las partidas de todos, sino tan solo de los que quepan.
No sé cuánta memoria para los saves tiene (2megas quizá?) ni cómo la gestiona para grabar, si metes más de 3 o 4 juegos (que ya son...), no sé si sólo graba los primeros... o los que tengan para grabar... o los que tu grabes primero... o si se sobreescriben...
Tiene una opción el software que no recuerdo como se llama (tal vez SMS... creo que sí...), para que te comprima automáticamente las partidas y así te quepan muchísimas más... pero no la gasto. (Algo parecido a lo que hace el F2A ultra).
En cuanto a meter más roms que la capacidad del cartucho (256 en mi caso) no pasa nada, tan solo el prog. avisa que no cabe y punto.
PD: Yo siempre que cambio algún juego, borro o añado, siempre antes hago copia de seguridad de mis partidas al hd... por si acaso.