Realmente no comprendo bien tu problema. ¿Por qué dices que no puedes quitar el ez3?. Supongo que te referirás a quitar el cartucho del linker ¿no?.
Lo realmetne importante es si consigues meter roms o no en el cartucho, o sea, si por lo menos el ez3 manager te los graba.
Si te sirve de consuelo, el flash de mi linker parece una verbena parpadeando de verde a rojo sin parar. Según las instrucciones no hay que sacarlo mientras está en rojo, pero como lo mio era un cahondeo, me arriesgué y me funciona perfectamente (aunque soy consciente de que no es la mejor solución y que parece ser que no está exenta de riesgo).