El boot.elf va dentro de apps, a su vez dentro de geckoos (el del gecko OS claro). Si lo bajaste del hilo de cangrejo me extraña tu error pues está todo bien colocado, puede ser que se descargara mal, sólo puedo decirte que lo descargues de nuevo. Por cierto, el HBC que usas es la beta 8 no? A ver si es que instalaste uno antiguo...
Bueno, por ahora comprueba manualmente que el boot.elf está donde debe estar, y si es asi, descargalo de nuevo.