Puedes buscar algo de google drive y webdav, aunque dav es algo lentorro. El Webdav puedes montarlo en tu pc como si fuese otro dispositivo, un pendrive o algo similar.
Box.net soporta webdav, aunque ese hosting tiene limite de (si mal no recuerdo) 200MB por archivo, y un maximo de creo que 10GB por cuenta en total. Claro que podrías crearte varias cuentas
Luego tienes MEGA, 50GB por cuenta sin limitaciones de archivos, y la aplicación de sincronización permite hacer eso de seleccionar qué carpetas sincronizar, y opcionalmente se pueden subir archivos y carpetas aisladamente a tu cuenta de MEGA sin tener que sincronizarlas. Lo malo es que esa aplicación, salvo que en estos últimos meses lo hayan mejorado... se corta muy a menudo y la sincronización es bastante culera, a veces borra archivos, a veces los duplica, hace cosas raras vaya
Creo que 4shared tenía una aplicación de escritorio también, y no sé si mediafire tenía FTP, algo recuerdo pero no te lo aseguro.