yo también tuve ese problema. La razón de esto es que estais usando tarjetas "compatibles" con la gamecube. Pero NO LO SON.
Yo tenía una Parker del MM, los datos del Naruto3, Fzero o Soul Calibur se corrompían de vez en cuando, y otros ni los grababa.
SOLUCIÓN: Devolver la tarjeta Parker y comprar una ORIGINAL. Desde entonces ni un solo problema. Total solo me salió 2 euros mas cara....
A disfrutar!