¿Utilizas emunand, pero no autorcm? A mí me pasaba eso cada vez que reiniciaba y no cargaba el SX a la primera (es decir, pasaba por la nand original). Al pasar eso, la SD queda como "asociada" a la nand original, y por lo tanto, no reconoce los juegos de la emunand (volver a descargarlos/instalarlos). No sé si será tu caso, pero por si te sirve de referencia.
¡Saludos!