Lo que pasa es que si no se tienen los codecs oficiales MPEG para Quicktime los otros programas de vídeo de Apple no van a trabajar con esos archivos. Yo los tuve que "adquirir por medios alternativos" para usarlos en iDVD y me funcionó, pero eso fue con Snow Leopard. Si tu versión del SO no es compatible con los codecs que has pagado deberías ponerte en contacto con Apple.