Yo me encontré un problema parecido con la M3 Perfect. Parece ser que el flash no entiende demasiado bien los nombres de fichero largos. Tenía:
Pokemon - Edicion Rubi.gba
Pokemon - Edicion Rojo.gba
Y me pasaba lo que tu dices. Los renombré a Rubi.gba y Rojo.gba y todo perfecto.
¿Puede que te pase lo mismo?
Un saludo