Hay un hilo en exclusiva para el programa dentro de este foro y esta lleno de preguntas y respuestas, revisatelo a ver si ves algo que te ayuda. Como apunte te dire que los videos que genera mkv2vob a veces no se ven en el PC pero si que lo hacen en la PS3.
Bajate la ultima verision del mkv2vob y asegurate que los MKV que usas tienen video en AVC h.264 y sonido AC3 o DTS. Yo llevo mogollon de peliculas pasadas a vob y solo tengo algunos problemas de sincro que en el hilo que te digo tb esta explicado como los soluciono.
La configuracion correcta o que por lo menos funciona es poner que genere .mpg codificando (si fuera necesario) en mpg y el sonido que ni lo toque y ya esta.
Para verlos en la PS3 o bien los metes en un PEN o en un HDD Externo o con TVersity diciendole que no haga Transcodificacion