bueno vamos a ver.... danos mas datos.... (q version es, si es una nigthly build) q sistema operativo etc, y si te desaparece por las buenas o es aciendo algo.
Un "remedio" que te podria solucionar la papeleta de perder todas las web q tienes en los marcadores es ir a :
Menu marcadores--> Administrar marcadores--> Archivo --->Exportar --> eliges el sitio donde los kieras guardar. Eso sera una copia de tus marcadores actuales, si por cualquier caso se te borrasen, o lo quieres poner en otro equipo, pues nada mas tienes que hacer los mismos pasos pero seleccionando importar en lugar de exportar, buscas donde creastes el archivo anteriormente y ya esta.
Espero q te sirva
PD: No es normal q ocurra eso, q se borren los marcadores...
EDITO: No habia visto q tambien se te borraba todo lo que tenias configurado, bueno eso ahora mismo no se por q puede ser ni como solucionartelo, kizas si nos das mas datos te podriamos ayudar mejor.
Solamente se me ocurren dos posibilidades, q por alguna razon misteriosa se te borra la carpeta q almacena la configuracion y los favoritos y tal ( q lo dudo) o hay algun tipo de problemilla con un tal admistrador de usuarios q tiene el firebird pero q solamente me sale en linux y a veces cuando abro dos veces el firebird o algo asi..... es eso?