A ver... los juegos de NeoGeo, CPS y muchos arcade del Mame se componen cada uno de varias roms; Esas roms se suelen comprimir en un zip para ser utilizadas en diversos emuladores. Si miras dentro del zip de tu Kof96 verás como hay varios archivos.
Por tanto, yo diría que lo que te pasa con los juegos que no te rulan es lo que te ha dicho Mopeto, que dentro del zip del juego falta o falla (O sea, que no es el correcto) el archivo que te dice el emu. No parece que tenga mayor historia.
Para solucionarlo, busca esos archivos o utiliza solo juegos del romset del Mame. Además, Junto con el mvsPSP viene un Readme donde tiene que poner de que versión del Mame tienen que ser los juegos.